La Universidad del Valle inició un estudio de factibilidad ambiental de Bahía Málaga para hacer un balance entre los beneficios socioeconómicos de un puerto de aguas profundas y los perjuicios al ecosistema.
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El estudio será realizado por un equipo interdisciplinario de biólogos, ingenieros, físicos, químicos, economistas, antropólogos y ambientalistas, además vendrán dos científicos balleneros de Estados Unidos, expertos en los conflictos que se presentan entre la preservación de las ballenas y los puertos.

La Universidad del Valle ha realizado estudios en Bahía Málaga desde 1970. Uno de los estudios ecológicos más recientes, realizado en el 2006 con la participación de otras dos instituciones, encontró que existen cerca de 1400 especies marinas y costeras, de las cuales 250 son moluscos, 237 crustáceos, 240 peces y otra gran cantidad de especies.

En las investigaciones realizadas hasta el momento no se ha tenido en cuenta el impacto de la construcción y operación de un puerto de aguas profundas. El único estudio de impacto ambiental de una obra se realizó entre 1985 y 1987, relacionado con la construcción y operación de la base naval de Málaga y su carretera de acceso.

En el estudio que se acaba de iniciar se evaluará el impacto que pueda generar la construcción de un puerto sobre los sistemas naturales y sociales de la Bahía, así como el impacto de las actividades portuarias sobre las poblaciones de ballenas y demás especies animales. Así mismo, se elaborarán escenarios sobre la viabilidad ambiental del proyecto portuario que permita evaluar riesgos y restricciones sobre la variedad ambiental.

Bahía Málaga es un territorio de importancia ambiental con características especiales, que pocos sitios tienen en el país. Algunas especies de la bahía son emblemáticas, como las ballenas y los delfines. Su biodiversidad es semejante a la que se puede encontrar en la Isla Gorgona y la Ensenada de Utría.

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